REST-GCA

Based on Resting State fMRI Data Analysis Toolkit (REST), we implemented GCA on MATLAB as a graphical user interface (GUI) toolkit. This toolkit, namely REST-GCA (as a component of REST), could output both the F on residual and the signed-path coefficient. REST-GCA also intergrates a programme that could transform the distribution of F on the residual to normal distribution and then permit parametric statistical inference at group level.

Please see the attachments for detailed discription and usage of REST-GCA.

Citation: Zang ZX, Yan CG, Dong ZY, Huang J, Zang YF (In Press) Granger Causality Analysis implementation on MATLAB: a graphic user interface toolkit for fMRI data processing. Journal of Neuroscience Methods. In Press.

Thank you for using REST!
by Zang Zhenxiang, 2010-05-03

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Usage_of_REST-GCA_1.ppt857.5 KB
REST-GCA_readme_v1.8.doc182.5 KB

Re: REST-GCA

 老师好!
请教您一个问题,我做了voxel-wise的GCA,每个被试都有x2x_AR_1.nii, y2y_AR_1.nii, x2y.nii, y2x.nii四个文件,我现在想进行统计分析,请问应该选什么文件?我选了所有被试的x2y.nii文件做one-sample t-test,结果报错了。
麻烦老师了,谢谢!

Re: REST-GCA

 请问这个问题解决了吗?是不是把每个被试的同一种类型的文件挑出来进行单样本T检验?

Re: REST-GCA

老师我想请教一下关于GCA的问题,
我采用的是一个run的任务态的数据,选择了一个6mm的ROI来做voxel wise的GCA,然后我将所有被试的结果做one-sample t test,出来的结果是整个脑袋都亮了,我以为是因为smooth的原因,但是我又用没smooth的数据做,结果还是一样,请问我哪里出错了么?

Re: REST-GCA

 你好,
请问你是不是按照默认的参数运行的GCA?如果是,那么输出结果是回归系数图。这个图可以直接做t test。如果不是,那么你用的是基于残差的结果,是不能直接做t test的。

请问你设置的p值是多少,有没有进行校正?

Re: REST-GCA

非常感谢老师您的回答,我已经再重新跑了一次预处理,这一次的结果貌似合理很多,谢谢老师的帮助!
另外关于GCA我还有几个问题:
第一:是不是只能所有的被试统一的ROI,要是不同的ROI就只能每个被试分开做
第二:GCA的结果图在设定cluster size的时候,会报错,是因为我做的是基于voxel wise的GCA么,所以只能设定cluster为0?
第三:能不能直接将rest产生的基于个体的GCA的map用来做spm的单样本t检验?要是可以的话,在基于voxel-wise的分析得到的都是voxel的结果,没有办法选出cluster要怎么去解释自己的结果,因为得到的结果不能完全的集中到一定的区域,只能得到voxel的GCA的表格是么?
非常感谢老师的帮助!

Re: REST-GCA

你好
每个被试用不同的ROI要分开做。但我不太理解这样做的目的。
能否把报错的信息贴上来,我看一看是什么错误?
你的意思是能不能用spm做T检验?一组人可以做,但一个人的结果做不了。

Re: REST-GCA

就是我在用slice viwer查看GCA的组分析的结果的时候设置cluster size的时候会出现以下的报错信息,(比如我将cluster size设置为100) 我在想是不是因为分析是基于voxel wise的,所以才会出现这样的情况,以下是报错信息

??? Error using ==> iptcheckconn at 49
Function BWLABELN expected its second input argument, CONN,
to be a valid connectivity specifier.
A scalar connectivity specifier must be 1, 4, 6, 8, 18, or 26.

Error in ==> bwlabeln>parse_inputs at 97
    iptcheckconn(conn,mfilename,'CONN',2);

Error in ==> bwlabeln at 74
[A,conn] = parse_inputs(varargin{:});

Error in ==> rest_sliceviewer>ThrdOverlayCluster at 3058
 [theObjMask, theObjNum]=bwlabeln(Result,AConfig.Overlay.ClusterConnectivityCriterion); %DONG Zhang-Ye and YAN Chao-Gan 090711, make the
    Cluster Connectivity Criterion flexible. %[theObjMask, theObjN
Error in ==> rest_sliceviewer>ThresholdOverlayVolume at 3086
 AConfig.Overlay.VolumeThrd =ThrdOverlayCluster(AConfig, AConfig.Overlay.VolumeThrd);

Error in ==> rest_sliceviewer at 669
    REST_SliceViewer_Cfg.Config(theCardinal) =ThresholdOverlayVolume(REST_SliceViewer_Cfg.Config(theCardinal));
 
??? Error while evaluating uicontrol Callback

谢谢老师!

Re: REST-GCA

connectivity criterion 这个参数要填进去。卡cluster size需要这个参数。
你这里没有填这个参数才报错。

Re: REST-GCA

另外,关于针对个体所做的分析,我的想法是,因为我想用任务态的数据来做分析,但是每个被试可能激活的脑区会存在个体差异,所以想先通过每个个体的激活的区域定义每个个体的ROI,再用来做GCA,这样是不是就把因为激活存在的个体差异给考虑了。谢谢老师!

Re: REST-GCA

如果每个个体激活区不一样,你做GCA结果就没有可比性,没法做统计推断。

Re: REST-GCA

谢谢老师的答复,我这里选的是不同被试在同一个区域的不同的peak值,就是根据他们各自的激活的peak值来选择ROI,但是所有被试激活的区域大致相同。
另外老师我想补充一个问题:
就是我现在是在分析一个任务态的数据,两个run,两个不同的任务,但是在滤波的时候遇到问题,要是用不滤波的数据进行GCA的分析,voxel-wise的结果显示是全部都亮了。
但是要是采用静息态的滤波频段应该是不合适的,是么。我有尝试过用脑电的滤波频段1~30HZ滤波,但是那样出来的结果是啥都没有。我的任务是字体判断任务和语义判断任务,到底什么样的滤波较为合适,还是直接选择不要滤波?谢谢老师指教!

Re: REST-GCA

如果每个被试用个体的peak来划定ROI,那么ROI之间会存在很大的变异,这个没法进行组统计。
通常情况下,任务会选择高通滤波,选择的频点是0.008HZ,也就是每128s一周期。静息状态下一般选择带通滤波,具体选哪段,不好说,没有统一的标准。你用脑电的频段对fMRI数据滤波,这个没道理。通常情况下,fMRI数据全脑扫描高频率也不会超过1HZ,你取1HZ以上的频段,是没有信号的,自然什么结果都没有。

Re: REST-GCA

我也遇到同样的问题,恭候老师回答!

RESTv1.8-GCA

The readme file and usage-guide ppt file of RESTv1.8-GCA have been uploaded. To view the changes of REST-GCA, please download the two recently uploaded files! Thank you for using REST!

Re

 Zhen-Xiang, please also update the picture of GUI?

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