REST-GCA
Based on Resting State fMRI Data Analysis Toolkit (REST), we implemented GCA on MATLAB as a graphical user interface (GUI) toolkit. This toolkit, namely REST-GCA (as a component of REST), could output both the F on residual and the signed-path coefficient. REST-GCA also intergrates a programme that could transform the distribution of F on the residual to normal distribution and then permit parametric statistical inference at group level.
Please see the attachments for detailed discription and usage of REST-GCA.
Citation: Zang ZX, Yan CG, Dong ZY, Huang J, Zang YF (In Press) Granger Causality Analysis implementation on MATLAB: a graphic user interface toolkit for fMRI data processing. Journal of Neuroscience Methods. In Press.
Thank you for using REST!
by Zang Zhenxiang, 2010-05-03
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| Usage_of_REST-GCA_1.ppt | 857.5 KB |
| REST-GCA_readme_v1.8.doc | 182.5 KB |
Re: REST-GCA
老师我想请教一下关于GCA的问题，
我采用的是一个run的任务态的数据，选择了一个6mm的ROI来做voxel wise的GCA，然后我将所有被试的结果做one-sample t test，出来的结果是整个脑袋都亮了，我以为是因为smooth的原因，但是我又用没smooth的数据做，结果还是一样，请问我哪里出错了么？
Re: REST-GCA
你好，
请问你是不是按照默认的参数运行的GCA？如果是，那么输出结果是回归系数图。这个图可以直接做t test。如果不是，那么你用的是基于残差的结果，是不能直接做t test的。
请问你设置的p值是多少，有没有进行校正？
Re: REST-GCA
非常感谢老师您的回答，我已经再重新跑了一次预处理，这一次的结果貌似合理很多，谢谢老师的帮助！
另外关于GCA我还有几个问题：
第一：是不是只能所有的被试统一的ROI，要是不同的ROI就只能每个被试分开做
第二：GCA的结果图在设定cluster size的时候，会报错，是因为我做的是基于voxel wise的GCA么，所以只能设定cluster为0？
第三：能不能直接将rest产生的基于个体的GCA的map用来做spm的单样本t检验？要是可以的话，在基于voxel-wise的分析得到的都是voxel的结果，没有办法选出cluster要怎么去解释自己的结果，因为得到的结果不能完全的集中到一定的区域，只能得到voxel的GCA的表格是么？
非常感谢老师的帮助！
RESTv1.8-GCA
The readme file and usage-guide ppt file of RESTv1.8-GCA have been uploaded. To view the changes of REST-GCA, please download the two recently uploaded files! Thank you for using REST!
Re
Zhen-Xiang, please also update the picture of GUI?