December 2010

Origin

Hello,
We´ve been using REST to analyse resting state scans.
First we did it following the indications of the presentation, using a mask for the ROI and a mask for the brain.
Well, we finally obtained the default mode networks, as expected.

Slice View颜色显示和图像叠加的问题

各位老师好,我在制图的时候遇到以下几个问题,想请教一下各位老师,非常感谢!

1、我们知道AAL模板有90个区域,我计算了每个区域的某个属性值,比如说中央度,我计算出了中央度最大的5个区后,在rest的Slice View里把这5个区Save Clusters了,得到了一个.img和一个.hdr文件。可是在显示这个文件的时候,颜色是按这5个区的Labal值显示的。如果我希望这5个区域的颜色显示的是我计算出来的中央度,需要怎么做?

2、我把正常人中央度显著大于AD患者的区域做了一个图,又把AD患者中央度显著大于正常人的区域做了一张图,怎么把这两张图叠加在一起,并且使AD>Nor的显示红色,Nor>AD的显示蓝色?

请问regressor这个词应该怎么理解

大家好!请问regressor这个词应该怎么理解啊?我最近在很多地方都看到这个词,请大家不吝赐教。
在SPM8的manual里第62页讲到1st level analysis的Timing parameters设置时,提到“Also, with long TRs you may want to shift the regressors so that they are aligned to a particular slice. This is e ected by changing the microtime resolution and onset.”

第63页的fig8.2也提到了这个词,图如下:

Taxonomy upgrade extras: 

SPM看统计结果


想请问老师几个比较基础的问题:
1、就是如上图的统计结果表格,各列都是什么意义(最后还差一列贴图没显示全,个人觉得应该是各个cluster的峰值点的坐标);
2、Z值是什么意思,如何求得;
3、现在能够知道激活的cluser在各个脑区的像素是多少,是否还能求激活的强度呢。谢谢

Taxonomy upgrade extras: 

Rest的坐标改变

老师,您好
用Rest做fC,我遇到坐标问题,得出的结果图像与原始图像以及mask不一致(x坐标上有位移,并且x轴上的起始坐标不一致)。
如下:
restFMRI_1 是处理好的fmri数据。我用rest做ROI Center(mm)=(-5.500000e+00, -31, 1.150000e+01); Radius=1.50 mm, 与全脑的功能连接
mask 全脑的mask
FCMaps_result 得到的结果。

可以看到,restFMRI_1 和 mask 的坐标以及原点是一致的,可是得到的FCMaps在x坐标上有位移,并且x轴上的起始坐标不一致。
这是怎么导致的,有没有办法解决。

另外,对于我定义的ROI,Rest在计算时,会不会四舍五入,把ROI变成 (-6,-31,12); R=2mm ???

fix-effect and mix-effect

各位老师,新年快乐。

对于rest统计我有一个疑问:

假设我有10个被试,每个被试有6个session的resting fmri,每个session是5分钟的扫描。
现在我用PCC做ROI与全脑做功能连接,于是就会得到 10个被试*6个session = 60个 zFCMaps.

现在我想看PCC与哪些区域有显著的功能连接,我是不是可以直接拿这60个zFCMaps做one sample t test?

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但是我看一些文献,好像在统计做了区分(不知道我理解对不对):
fix-effect -- 由每个人的6个session的zFCMaps来得到每个人的map, 这样60个zFCMaps就变成了10个maps ????这个过程不需要由样本推测总体??
mix-effect -- 由每个人的maps得到总体的maps,这样10个maps就变成了我想要的一个map ??? 这个过程是由样本推测总体 ,所以在统计时的一些参数和上面不一样??

这个概念我一直不是很清楚,我一直就是用rest的one sample t test来处理,没分什么fix-effect和mix-effect。

咨询

严老师:
       您好。我根据您的视频做了三个正常人的REHO及ALFF,顺便试着做了个单样本t检验,得出的图像出现了蓝色的激活区,而且在脑室里也有激活的存在。现在的问题是1、为什么会出现负激活,这个要怎么解释?2、脑室出现激活,是因为我的病例数太少,统计学误差还是因为在数据处理过程中有问题?谢谢您。

vbm处理3D图像过程中的问题

严师兄,请教你个问题,我在用vbm处理3D图像过程中的问题:在check data quality=>display one slice for all images 时用默认的参数是总是错,运行不下去是为什么?Proportional scaling:选yes或no都运行了,Show slice in mm选的默认值0。谢谢!

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