September 2012

vbm分析

学习vbm分析,使用了dparsfa的新分割与dartel的模板处理,非常方便,但是我想知道软件内部具体的操作流程与参数如何设置的?最后出来的结果应该是平滑过了,平滑核是多少?直接统计好像都是散点,我自己又平滑(8)一次;我自己又按vbm tutorial(john ashburner写的)的流程与参数跑了一遍,感觉出来结果不同,所以想知道贵软件vbm的流程参数设置如何,与vbm tutorial文中区别在哪里?还有贵软件做vbm过程中,dicom格式转换有问题,co前缀有时候缺失,软件就卡住了;我自己mricron转好,放入T1img,勾掉dicom转换,发现软件又不能跑下去;后来发现从NII文件开始,也要建立T1raw的文件夹,里面还得有相关文件夹(空的也行);是否也可按功能数据一样,选从哪步开始。

restfmri.net service temporally shutdown for maintenance, last about 4 hours in the morning of 2012-10-2, Beijing time

For server movement, restfmri.net service would be temporally shutdown, which will last about 4 hours in the morning of 2012-10-2, Beijing time.

Forums: 

请教DMN及其负相关网络的区别

各位老师好:
我在贵实验室Wu, J.T., et al., Aging-related changes in the default mode network and its anti-correlated networks: A resting-state fMRI study. Neuroscience letters, 2011.的文章上看到采用小球法提出四个区域:PCC+、PCC-、vmPFC+、vmPFC-。将这四个区域取并集后构成的Mask,称之为默认网络及其负相关网络(default mode network and its anti-correlated networks)。根据这个说法,我想请问:
1. 单纯的默认网络DMN区域,是否仅为上述PCC+和vmPFC+的并集

FC双样本T检验mask的问题

严老师在http://www.restfmri.net/forum/node/764这个问题里提到FC的双样本T检验使用全脑mask,校正后再乘以两组1T的mask。根据这个我的作法是用全脑mask做双样本T检验,得到的T图用rest image caculate 乘以两组1T的mask,然后看结果用的全脑mask的校正,校前0.01,平滑核是6,alphasim校正用的是全脑mask的校正:clusters40,rmm5,p<0.05.
1、不知道这个做法对吗,校正有没有问题?
2、还有就是双样本T检验的灰质协变量怎么来的,是什么文件名?
3、去除智商协变量的话,那个txt文件怎么写,因为是两组人,好像视频上没有讲到。
4、如果根据双样本T检验的结果做与量表评分的相关,可以用双样本T检验的结果做mask做全脑相关吗?这样与提取功能连接值与量表评分相关有差别吗?

A problem of preprocessing using DPARSFA

望严老师帮忙分析下原因:
1、试用新版DPARSFA预处理数据时,发现以下报错,另外想把剔除协变量放在滤波前,输入FunImgARWS图像,同样出现类似的报错。
Generating voxel specific head motion for G:\analysis\RealignParameter\sub_001_NC\rp_a20111119_085529ep2dpacedyntmocosunyu3T-018-20s003a001_011.txt...???

Error using ==> class
Cannot change the number of fields of class 'file_array' without first typing 'clear classes'.

DPARSFA Error Related to Number of Parallel Workers

Hi,

I have been testing some of the features on DPARSFA V2.2PRE. When running on data from either 1 or 2 subjects using the options from "Calculate in MNI Space: TRADITIONAL Order", everything processes smoothly with parallel workers set at 0. However, when I set the parallel workers to 6 (on an 8 core machine), I get the following error:

Some questions relative to your New edition sofeware

论坛老师好!

有几个问题想看看大家的意见。

1、AlphaSim与Gaussian random-field theory校正那个更严格,分别都更适用于那些情况呢?通常我发现GRF校正voxel P值设为z>2.3,这个值相当于p值多少呢,可否再设的松一点?REST新版加入了GRF校正,可否就该校正的参数设置及意义做一讲解呢?

2、前面严老师说REST中的REST smoothest可以估计校正要求的平滑值,对此有些不解:统计学检验图估计smooth值有什么意义?

3、我发现REST slice viewer与xjview好像有点差异,REST中输入voxel水平的p值0.01,对应T值2.70,而xjview中输入0.01对应T值2.32,不知什么原因?

4、新版DPARSFA中,将协变量剔除提前到filter前有什么意义?

麻烦了!