June 2013

citations or references about VMHC, GCA and degree centrality of REST toolbox

Submitted by chlai on Sun, 06/09/2013 - 21:50

Dear REST experts:

I noticed that there are several new functions of REST v1.8 when compared to previous version, such as VMHC, degree centrality and GCA.

Can anybody tell me the citations or references for these new functions?

Thank you.

Dr. Lai

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Resting-state fMRI topics

美国德州理工大学脑成像研究院诚招博士后职位

Submitted by yiyuan on Sun, 06/09/2013 - 03:22

美国德州理工大学脑成像研究院诚招博士后职位

主要研究方向：
经验和基因调节和影响大脑、生理和心理的可塑性及机理。

设施：
实验室具备自己的3T脑成像、128脑电、多道生理等多种仪器。

实验室发表成果：
在身心调节的生理心理机理和跨文化因素影响大脑可塑性等方面已发表8篇高影响因子的成果（6篇PNAS、2篇TICS），并开创了Mindfulness Neuroscience新领域。

导师介绍：
唐一源教授现任美国德州理工大学脑成像研究院院长，脑科学讲席教授。

待遇：
可以为博士后提供所有相关的科研资源、待遇按照美国同等位置年薪计算（超过￥20万元），并根据实践经验相应调整。

要求：
应聘者需要能独立进行脑成功能像和/或结构数据分析处理, 熟练掌握1-2种常用软件，如FSL，SPM，REST, FreeSurfer等。有MATLAB编程能力，或图像处理或信号处理的相关基础，或有研究新创意者优先考虑。

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Can I open and check intergrade file?

Submitted by kim on Fri, 06/07/2013 - 09:48

 Hi,
 i don't know how to open realingment done file (which processed by DPARSF program) on SPM8 
in the other words, Can I open and check intergrade file such as realignment result or normalization result (which's already done to smoothing by DPARSF) on SPM8 program? 
 
Thank you
have a nice day! 

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关于提取感兴趣区值的问题

Submitted by rumen on Tue, 06/04/2013 - 17:25

老师：
   您好，我在计算完两组被试的DC之后，进行双样本T检验，把有显著差异的脑区提取出来，然后想对每组被试提取感兴趣区域的mDC值。
请问：
1.ROI的制作是用对应ALL模板中不同脑区的阈值提取脑区作为mask好还是采用以Peak点为中心的球形ROI比较好呢？
2.提取感兴趣区域是不是把每组所有被试的各ROI值提取出来，然后用SPSS统计比较两组的差异吗？可不可以对每组被试的单样本T检验校正后的cluster结果提取ROI值？
谢谢您！

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Resting-state fMRI topics

DPARSF ReHo calculation problems

Submitted by chlai on Mon, 06/03/2013 - 12:43

Dear REST experts:

I have some problems of process about ReHo production during DPARSF.

Running job #1
------------------------------------------------------------------------
Running 'Smooth'
Done 'Smooth'
Done

Moving Smoothed Files:subject001 OK

Removing the linear trend:

Read 3D EPI functional images: "E:\Neuroimaging database\MDD VBM\TEST\FunImgNormalizedSmoothed\subject001".............................
............................
Moving Dtrended Files:subject001 OK

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Resting-state fMRI topics

请教臧老师一个审稿意见的回答

Submitted by qianqian on Sat, 06/01/2013 - 11:40

 臧老师，您好！

我一个fMRI研究收到了两个比较难以回答的审稿意见，想向您请教下：

1. 我同时记录了两组被试（假设为组A和B）、两个阶段（反应阶段 和 反馈阶段）的fMRI结果，分别对两组被试在两个阶段的大脑激活模式进行了分析。

在报告数据时，我使用了三种阈值：

针对反应阶段：组内比较使用的阈值是 FDR<0.01, K>50；组间比较是FDR<0.05, K>50；
针对反馈阶段：组内比较和组间比较的阈值都使用FDR<0.001，K>50.

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