脑亚区功能连接

各位老师,我在关注脑亚区功能连接的文献中,遇到了一些问题,望建议,多谢!
以一篇文献为例:
Bai et al. Aberrant Hippocampal Subregion Networks Associated with the Classifications of aMCI Subjects: A Longitudinal Resting-State Study. Plos one. 2011.
先简要介绍一下该研究:

请教关于DPARSF和REST读取数据次序的问题

各位老师好!
学生有几个问题,想请教各位老师:
1.请问DPARSF和REST软件在读取数据的时候是按照sub1,sub11,sub12,sub2,sub3,sub4,sub5,sub6,sub7,sub8,sub9的次序,还是从sub1~sub12递增的次序呢?
2.那在读取文本文档的时候,次序是按照文档中数据的先后次序吗?
3.在对ALFF做组分析,尤其是配对t检验的时候,取平均的ALFF是不是忽略了全脑信号各自的平均水平呢?虽然平均的ALFF看起来似乎做了标准化的处理,可能更符合正态分布,但是却忽略了两组数据全脑信号的平均水平,这样合理吗?
谢谢老师!