DARTEL标准化问题总结

Submitted by wleewell on Sun, 07/08/2012 - 14:30

严老师，
看了您前面的建议，我还是想争取用DARTEL标准化，所以希望在您帮助下，能把这些问题克服了。
我换电脑跑后，out of memory问题解决了，slice、realignment后DARTEL可以正常运行。但另外两个问题试了十几次都通不过。
功能像normalize文件生成这步还无法解决，软件跑了一会normalize to MNI space后，提示movefile的错误，检查文件发现FunImg下面已经生成了swra前缀的文件，而没有wra前缀的文件，奇怪为什么还没到smooth，就生成了s前缀的文件？前面用DARSFA跑到这一步同样是这个问题，软件直接把swra前缀的图像放在了FunImgAR文件夹，而movefile报错。
我查看了分割图，发现白质图（smwc2co前缀）还是有灰色的条纹阴影，感觉不大对劲，不知是什么问题？

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DARTEL后续问题

Submitted by wleewell on Thu, 07/05/2012 - 21:19

严老师，我从头到尾用DARSFA做了下静息数据的DARTEL配准预处理，总体感觉DARTEL有点难度，除了前面帖子中的问题，又有了另外的问题，整理如下，望指点。

1. 为什么软件自动做了T1像的reorient与crop，后面在功能像与结构像的配准前还跳出了界面要求手工Reorienting T1 Image 呢，是否因为软件自动reorient的还不够准确？

2. 手工reorient这一步，感觉调整主观性大，调整不好可能更歪，尤其是低分辨率的功能像，所以想请教下调整图像原点到前联合有没有客观的、量化的标准？或者有什么简便的原则？

3. 执行DARTEL模版生成后，Normalise to MNI Space这一步的matlab程序有些不解：
一是从命令看，感觉跑了几次Normalise to MNI Space，为什么不是一次做完呢？

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