Siemens Trio 3.0T，DTT与TI像融合，及FA图与自身模板配准的问题，跪谢！

Submitted by taolei329 on Tue, 11/26/2013 - 23:15

大家好：

我用SIEMENS TRIO 3.0T，做痴呆的静息态研究，导师让我想办法把DTT与T1像融合分析，而不是单纯的分析脑白质的FA值变化，着手尝试过程如下：

1、原始的_DTI_ep2d_diff_mddw_20_p2序列一共有DCIM图像65个，我用dcim2nigui.exe转化和生成后缀名为bval，bvec和gz文件；
2、然后，我用diffusion toolkit 把gz文件reconstrcution，没有tracking，生成十几个个文件，都以dti打头
3、之后，用SPM8配准，采用Coregister（EST&RES），把dti_adc.nii作为source image，T1.nii作为reference image，other image 选择其余的在上一步生成的dti打头的文件，运行过程出错
4、生成十几个以rdti打头的文件，用rest的viewer看图，发现图像与T1模板有错位
5、重复第2步，reconstruction与tracking一起运行，自动启动TracVis，生成DTT，发现双侧眼球也有纤维束，然后file里面load image

之后我就不知道该怎么做了，查了一些静息态DTI研究的文献，文章中的附图很精美，不知道是怎么做出来的，有没有具体工具盒操作方法？另外上面的操作步骤不一定对，哪里有错误？请各位老师同仁不吝赐教！！

Submitted by jigongjun on Thu, 11/28/2013 - 02:33

1. DTI数据分析，建议你看下PANDA吧（基于FSL和Diffusion Toolkit等），从DICOM到出来纤维追踪图，可以批处理一次性出来。(下载地址：http://www.nitrc.org/search/?type_of_search=group&q=PANDA&sa.x=18&sa.y=14&sa=Search) 

2. 关于DTI和T1的结合，建议将T1数据带往个体的DTI空间吧，用SPM把T1配到B0空间。

Submitted by taolei329 on Sat, 12/07/2013 - 00:53

张老师您好！

很感谢你之前给我的帮助，不过我还是有一些问题想请教你一下：
1、根据您的解答，我的理解是用一个样本的T1像做模板，然后把处理过的FA图像叠加到自身的T1模板上，是这样吗？如果不对，请指正！需不需要用到T1_3d的图像？之前我请教过一个做类似课题的同仁，他提到需要用到T13d的图像，但是后面怎么处理他没说，所以麻烦您不吝赐教！！

2、我按照您说的，操作了一下，之前第二部会生成13个以dti打头的文件，如下：dti_adc/b0/fa/fa_color/dwi/exp/e1/e2/e3/tensor/v1/v2/v3.nii，然后你说“先用coregistration把DTI（reference）和T1(source)做对齐”，那请问上面13个文件中，我选哪一个作为reference image呢？比如说我选dti_b0.nii作为reference image，source image 选T1.nii，那么other images 是不是选除dti_b0.nii以外的12个文件呢？

3、接着，您说：“然后用对齐了的T1 individual和T1 template做normalization”，这个对齐了的T1 individual是上面第2部生成的吗?可是上面生成的是以rdti打头的13个文件，后面都是_adc/b0/fa/fa_color/dwi/exp/e1/e2/e3/tensor/v1/v2/v3.nii，不知道是不是我理解的问题？然后normalization中设定好source image和template后，image to write选哪个文件呢？

4、最后，您说“然后write normalization to DTI results”，这一步我感觉还是normalization的操作，如果不是，应该如何操作呢？

也许我的问题比较肤浅、比较急功近利，但是确实是我现在天天都面对的困难，由于明年就要毕业了，时间比较紧，所以请您见谅！

另外，我之前通过coregister和smooth后生成的srdti_fa.nii，用REST的viewer看图，假如说，我是说假如操作时正确的话，能不能认为显示出来的图像就是全脑的FA图，我输入坐标，就可以显示那个点的FA值？然后继续进行组间、组内T检验，就像reho和alff那样，最后得出有差异的脑区，比如AD较对照组升高的或者是降低的MNI坐标和peak intensity？

非常感谢！！

张老师如果不介意能不能留个邮箱？

陶磊

Submitted by ZHANG_RESTadmin on Mon, 12/09/2013 - 17:17

用registration: Estimate 来做个体T1和B0的对齐。

选dti_b0.nii作为reference image，source image 选T1.nii ，  other images什么也不选。

上面第2步生成了对齐了的T1像（文件名并没有什么变化但是已经对齐了）。

normalization 设定这个T1为source， 设好标准T1 template为template， image to write可以选择你之前利用DTI数据计算得到的FA图像。

这样就完成了FA图像配准到标准空间。



Submitted by taolei329 on Thu, 12/12/2013 - 00:11

 张老师您好：

 
 
    非常感谢你的帮助，FA图目前已经可以比较完美匹配T1模板了，目前有以下几个问题：
1、我以平滑核为6 6 6，半径4mm，根据alphasim，我设置体素阈值为165，然后进行组间检验，发现AD组较对照组相比，完全是减低的脑区，而且很多很多，没有增高的，后来我把体素阈值调低，就有一些增高的脑区，但是和alphasim表就不符合了，不知道上面的情况怎么办？我觉得如果是这样，我还不如选定DMN的几个标志性脑区的MNI坐标，只收集这些点的FA和REHO值，对两组人群进行分析来得方便。不知道是否可行，关键是关于DTI和静息态联合分析者方面文献我没有找到，不知道张老师是否有这方面的文献分享一下？
 
 2、另外，我想，能不能把全部脑白质区的REHO值和FA值进行相关分析？因为FA是脑白质纤维束的测量指标，而我们一般做reho都是算全脑的，包括白质，灰质还有CSF，所以我想只做白质的reho，所以我在DPARSF里面选择user defined mask 为whitemask61X73X61，然后算出来脑白质的REHO，我目前进行了一个样本的脑白质的REHO和FA的相关性分析，用的是REST的two sample T test，但是一直报错，我怀疑是不是两者无法公用一个mask导致的，还有一个可能是，这两者完全是不同类型的指标，也许不能进行相关性分析？或者是不能用REST的两样本T检验分析？因为reho和FA作为同一组人群的不同指标，如果具有类似的改变趋势的话，把两者进行“融合”，是不是会把有共同改变趋势的脑区凸显出来，比如REHO及FA都升高或者都降低的脑区，这样就可以省去很多时间，不用从CI report里面慢慢统计哪些是增高的脑区，哪些是降低的脑区。（问过其他一些做类似的朋友，有人说他们不应该有重叠的区域，因为REHO关注灰质里面低频BOLD信号的局部同步性；但是FA测量的是白质里面的。可以看具体哪个脑区的灰质和白质同时出现异常）
 
3、之前论坛里面好像有同人提到过利用MRIcron进行类似reho和FA分析，不知道具体怎么做，想麻烦张老师指点一二。
 
 
  非常感谢！
 
                                      陶磊

Submitted by ZHANG_RESTadmin on Thu, 12/12/2013 - 14:12

 DTI和静息态结合的我知道有一篇做DMN的FC和DTI解剖连接的，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2605172/
你可以参考。至于你说的降低阈值，是不好的，alphasim校正后是什么样就是什么样，你不能随意减少voxel数目。另外，AD不是本来就是下降吗？

白质区里的reho值反映了什么？需要仔细想想。在没想出明确答案之前，谨慎做。而且，相关分析不是用two sample T test，而是要用Pearson's correlation(只在白质里面做相关的情况只能自己编程做）。

MRIcron不知道怎么做这种分析，你可以搜索一下论坛。