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严老师: 您好,我做了REHO的双样本t检验,结果如下:
为什么会有激活区跑到脑外去?是我采样的问题还是处理过程中出了问题?单样本T检验的激活区都是在脑内,而且做的ALFF的值也都是在脑内,唯独REHO的双样本T检验出现了这种情况。希望能得到您的帮助。

我师兄这几天比较忙,我代他回答下。
你用的是smReho做的结果吧,由于做完Reho之后又做了平滑,所以在脑边缘的位置受平滑的影响,使脑外有了值。你之前的操作应该没有问题。两种方法可以处理: 1.用不做smooth的Reho,即mReho来做;2.用Image calculator再乘一次全脑Mask。建议第二种方法。

谢谢您对我上一个问题的帮助。现在还有一个小问题:严老师介绍了sliceview的一个小功能——CL.report,我已经用它得到了所有的clusters及其相应的参数,但是发现有一些cluster很大,并且列出了很多个脑区,我该从这些脑区中怎么做选择?下面附上一个cluster的参数:

Cluster 6
Number of voxels: 1010
Peak MNI coordinate: 9 -69 27
Peak MNI coordinate region: // Right Cerebrum // Occipital Lobe // Precuneus // White Matter // undefined // Cuneus_R (aal)
Peak intensity: 9.248
# voxels    structure
 1010 --TOTAL # VOXELS--
 536 Right Cerebrum
 427 Gray Matter
 365 Left Cerebrum
 351 Precuneus
 310 Occipital Lobe
 304 Parietal Lobe
 277 White Matter
 273 Limbic Lobe
 230 Precuneus_R (aal)
 188 Cingulate Gyrus
 185 Cuneus
 169 Precuneus_L (aal)
 155 brodmann area 31
 143 Calcarine_R (aal)
 129 brodmann area 7
 117 Calcarine_L (aal)
 109 Inter-Hemispheric
   92 Posterior Cingulate
   57 Cingulum_Mid_R (aal)
   53 Cuneus_L (aal)
   53 Cingulum_Post_L (aal)
   50 Cingulum_Mid_L (aal)
   47 brodmann area 23
   45 Cuneus_R (aal)
   43 Lingual Gyrus
   34 Cingulum_Post_R (aal)
   28 brodmann area 17
   26 brodmann area 18
   25 Paracentral Lobule
   22 Frontal Lobe
   18 brodmann area 30
   18 Lingual_L (aal)
   17 brodmann area 5
   16 Postcentral Gyrus
   11 Lingual_R (aal)
    7 Paracentral_Lobule_R (aal)
    4 Sub-Gyral
    4 Superior Parietal Lobule
    4 Temporal Lobe
    3 brodmann area 4
    2 brodmann area 29
    1 brodmann area 24

首先,看Peak的坐标: 9 -69 27,其所在的脑区是Precuneus或者说Cuneus_R (aal),结果中必须给出。
其次,看有voxel数量最多的有意义的脑区,左右脑,灰质白质,某个脑叶,如果不是特殊研究,一般不说,这里voxel数量最大的是Precuneus
基于以上两点,Precuneus应该是这个团块的主要脑区。
另外,如果你对某个脑区非常关注,也可以在结果中给出,比如对后扣带感兴趣,根据文章的需要也可以讨论,但并不是结果的主要脑区。

非常感谢~~还有两个小问题:
1、如果遇到下面这种的cluster:
Cluster 16
Number of voxels: 27
Peak MNI coordinate: 9 -72 51
Peak MNI coordinate region: // Right Cerebrum // Parietal Lobe // Precuneus // White Matter // undefined // Precuneus_R (aal)
Peak intensity: -4.5604

Cluster 17
Number of voxels: 21
Peak MNI coordinate: 18 -48 60
Peak MNI coordinate region: // Right Cerebrum // Parietal Lobe // Precuneus // Gray Matter // brodmann area 7 // Parietal_Sup_R (aal)
Peak intensity: -4.8224
这两个cluster有什么不同?要两个一起报出来吗?还是选择一个报?
2、类似于下面这样的Cluster
Cluster 1
Number of voxels: 256
Peak MNI coordinate: -12 -90 -42
Peak MNI coordinate region: // undefined // undefined // undefined // undefined // undefined // undefined
Peak intensity: -6.5132
# voxels structure
256 --TOTAL # VOXELS--
191 Left Cerebellum
191 Cerebellum Posterior Lobe
134 Cerebelum_Crus2_L (aal)
61 Uvula
53 Tuber
39 Pyramis
29 Cerebelum_Crus1_L (aal)
22 Inferior Semi-Lunar Lobule
16 Declive
我又该如何报?只报Cerebellum Posterior Lobe是不是就可以了?

1. 在结果列表中列出来,不做详细讨论。
2. 手动看看-12 -90 -42在什么位置,然后给出结果。如果确实无分区名称,结果列表中peak点所在脑区的名称可以空出。不过这个坐标看起来是在脑脊液上吧,建议还是要仔细分析下结果。

我也要请教一个上面仁兄一样的问题:我已经用它得到了所有的clusters及其相应的参数,并且列出了很多个脑区,我该从这些脑区中怎么做选择?Cluster 1
Number of voxels: 4982
Peak MNI coordinate: 3 -78   6
Peak MNI coordinate region:  // Right Cerebrum // Occipital Lobe // Cuneus // Gray Matter // brodmann area 18 // Calcarine_R (aal)
Peak intensity: 15.2169
# voxels structure
 4982 --TOTAL # VOXELS--
 2564 Occipital Lobe
 2263 Right Cerebrum
 2101 White Matter
 1803 Left Cerebrum
 1567 Gray Matter
 1358 Cuneus
  706 Precuneus
  664 Lingual Gyrus
  581 Calcarine_L (aal)距状回
  581 Limbic Lobe
  527 Parietal Lobe
  518 Calcarine_R (aal)
  458 Lingual_R (aal)舌回
  453 brodmann area 18
  423 Cerebellum Anterior Lobe
  416 Lingual_L (aal)
  401 Culmen
  386 brodmann area 19
  382 Cuneus_L (aal)楔回
  376 Posterior Cingulate
  355 Sub-Gyral
  354 Cuneus_R (aal)
  321 Occipital_Sup_L (aal)枕上回
  315 Right Cerebellum
  283 Occipital_Sup_R (aal)
  273 Left Cerebellum
  226 Temporal Lobe
  203 brodmann area 7
  189 Parahippocampa Gyrus
  186 Precuneus_R (aal)楔前叶
  184 Sub-lobar
  174 Fusiform_R (aal)纺锤体
  166 brodmann area 30
  165 Cerebellum Posterior Lobe
  163 Inter-Hemispheric
  136 Declive
  125 Extra-Nuclear
  120 Cerebelum_4_5_L (aal)
  119 brodmann area 31
  116 Occipital_Mid_R (aal)枕中回
  110 Cerebelum_4_5_R (aal)
  102 Fusiform_L (aal)
  101 Precuneus_L (aal)
  101 brodmann area 17
   84 Middle Occipital Gyrus
   80 Vermis_4_5 (aal)
   79 Cerebelum_6_L (aal)
   75 Fusiform Gyrus
   63 Cerebelum_6_R (aal)
   47 Corpus Callosum
   44 Middle Temporal Gyrus
   40 Occipital_Mid_L (aal)
   40 Lateral Ventricle
   40 Cerebro-Spinal Fluid
   35 Parietal_Sup_R (aal)
   31 brodmann area 29
   25 brodmann area 23
   25 ParaHippocampal_R (aal)
   21 Thalamus
   20 Vermis_6 (aal)
   20 Vermis_8 (aal)
   19 brodmann area 37
   18 Parietal_Sup_L (aal)
   17 Thalamus_R (aal)丘脑
   14 Superior Occipital Gyrus
   14 Vermis_7 (aal)小脑蚓部
   13 Pyramis
   12 Uvula
   11 Cerebelum_8_L (aal)
   11 Culmen of Vermis
    8 Cerebelum_Crus1_L (aal)
    7 brodmann area 36
    7 ParaHippocampal_L (aal)海马旁回
    6 Declive of Vermis
    5 Cerebelum_Crus1_R (aal)
    5 Midbrain
    5 Superior Parietal Lobule
    5 Vermis_3 (aal)
    5 Right Brainstem
    4 Ventral Posterior Lateral Nucleus
    4 Cerebelum_Crus2_L (aal)
    3 Cingulum_Post_R (aal)
    3 Cerebellar Lingual
    3 Temporal_Mid_R (aal)颞中回
    3 Hippocampus_R (aal) 海马
    2 Mammillary Body
    2 brodmann area 27
    2 Pulvinar
    2 Nodule
    2 Tuber of Vermis
    2 Pyramis of Vermis
    2 Cerebelum_8_R (aal)
    2 Ventral Posterior Medial Nucleus
    2 Cerebelum_Crus2_R (aal)
    1 Cingulum_Post_L (aal)
    1 brodmann area 39
    1 Medial Geniculum Body
    1 Angular Gyrus
----------------------
Cluster 2
Number of voxels: 98
Peak MNI coordinate: 12  24   6
Peak MNI coordinate region:  // Right Cerebrum // Sub-lobar // Lateral Ventricle // Cerebro-Spinal Fluid // undefined // undefined
Peak intensity: -7.1437
# voxels structure
   98 --TOTAL # VOXELS--
   90 Right Cerebrum
   72 White Matter
   49 Sub-lobar
   43 Sub-Gyral
   43 Frontal Lobe
   24 Extra-Nuclear
   17 Lateral Ventricle
   17 Cerebro-Spinal Fluid
   13 Caudate_R (aal)尾状
   11 Corpus Callosum
    9 Gray Matter
    8 Caudate
    8 Caudate Head
    7 Left Cerebrum
    6 Limbic Lobe
    6 Anterior Cingulate
    6 Caudate_L (aal)
    1 Frontal_Med_Orb_R (aal)前额
    1 brodmann area 32
    1 Inter-Hemispheric
----------------------
Cluster 3
Number of voxels: 115
Peak MNI coordinate: -27 -99  -6
Peak MNI coordinate region:  // Left Cerebrum // Occipital Lobe // Cuneus // Gray Matter // undefined // undefined
Peak intensity: -6.538
# voxels structure
  115 --TOTAL # VOXELS--
   95 Occipital Lobe
   95 Left Cerebrum
   71 Middle Occipital Gyrus
   62 Gray Matter
   53 Occipital_Mid_L (aal)枕中回
   45 brodmann area 18
   27 White Matter
   13 brodmann area 19
   11 Cuneus
   10 Inferior Occipital Gyrus
    9 Occipital_Inf_L (aal) 枕下回
    4 Lingual Gyrus
    1 Sub-Gyral

老师, 激活 在脑外 遇到前面相同问题,

2.用Image calculator再乘一次全脑Mask , 如何做,请显示.非常感谢!!

add group image ( 全部同smReHo-1_Map 吗?) ??
add individual image (全脑Mask吗?, 选那个Mask , BrainMask_05_53x63x46, BrainMask_05_61x73x61, BrainMask_05_91x109x91 )
我用DPARSF Normalize by using EPI template, 用BOUDING Box [-90 -126 -72;90 90 108]Voxel Sized [3,3,3]

非常感谢!!

Homer Zeng,

是的。可以这样做。

另一种做法是做统计的时候加一个MASK文件。

选BrainMask_05_61x73x61