Resting-state fMRI topics

How to get the correlation matrix of a ROI with the whole brain,

Submitted by cheungmen on Sat, 01/26/2013 - 10:24

prof. yan,
    I have a question when computing connectivity.
    I choose Functional Connectivity in the GUI of DPARSF, and click Define ROI, then click Run. but in the Results file, no correlation matrix can be found.

Forums: 
Resting-state fMRI topics

拟合度分析方法来识别默认网络的成分

Submitted by fish on Wed, 01/23/2013 - 21:10

尊敬的老师：
      有文献使用用拟合度分析方法来研究某种疾病的默认网络与正常人的默认网络的差异。基本思路是：首先使用ROI-based方法得到默认模式网络模板；然后对预处理后的数据进行ICA 分析，使用拟合度分析方法挑选出与之前得到的默认模式网络模板最匹配的成分。拟合度分析主要通过模板匹配程序来完成，即计算每个成分中落在模板内体素的z 值的平均值与模板外体素的z 值的均值之差，选择差值最大的成分作为最匹配的成分。为了便于进行组分析，将每个被试的最适成分的时间序列作为回归量输入到SPM 的设计矩阵中，回归分析得到与最适成分相似的脑区激活图,  即默认模式网络。

Forums: 
Resting-state fMRI topics

用DPARSF_V2.2_121225的一个报错

Submitted by wleewell on Wed, 01/23/2013 - 13:41

严老师，一个报错想请您分析一下：
用DPARSF_V2.2_121225，做到nuisance covariate regression时，出现以下错误，以前的版本却没有这个问题。

Extracting ROI signals...
  Read 3D EPI functional images: "G:\analysis\FunImgAR\sub_021a".........................................
??? Error using ==> y_ExtractROISignal at 188
Wrong ROI definition, please check:

Forums: 
Resting-state fMRI topics

VBM

Submitted by moon on Wed, 01/23/2013 - 11:17

老师：
      您好，请问用SPM8做VBM时，参数设置均为默认值，得到的结果里以m0wrp1开头的图像是不是经过标准化、调整后的灰质体积，这个图像有没有经过平滑呢？是不是需要再平滑一下才能做统计分析呢？谢谢！

Forums: 
Resting-state fMRI topics

Some issues about head motion analysis in new-edition DPARSF

Submitted by wleewell on Tue, 01/22/2013 - 15:58

严老师好！关于新版DPARSF的一点不解，望回复。
1. Polynomial trend:
     1). if input 2，为linear trend+quadratic trend，quadratic trend是什么意义？
     2). if input 3，为linear trend+quadratic trend+cubic trend，cubic trend是什么意义？

2. Rigid-body 6、Friston 24、Voxel-specific 3、Voxel-specific 12 几种head-motion regressor有什么特点，您更推荐哪一种？
选择Head motion scrubbing regressors，是否推荐将bad time series也进行回归?

Forums: 
Resting-state fMRI topics

rest中t检验得到的t-map怎么转化成能显示坐标和t值的table呢？

Submitted by flyinghonghong on Mon, 01/21/2013 - 17:01

各位老师好：
     我已经用rest处理得到了配对t检验的t-map文件，格式是”.nii”，然后用Slice View可以读取，也可以看cluster。但是我想看每个cluster里面除了peak点以外的t值比较大的点的坐标和t值，请问要怎么才可以得到这样的t值和坐标的table呢？？？？

Forums: 
Resting-state fMRI topics

DPARSFA 出错

Submitted by yubing on Mon, 01/21/2013 - 12:47

Matlab 2012a
Win2008 64bit
REST 1.8
DPARSFA 2.2

选项及操作内容见附件，我没有处理被试的T1图像，不知道在DPARSFA 中应该如何处理设置

Matlab 出错信息如下，多谢指教，谢谢！

Index exceeds matrix dimensions.

Error in y_Normalize_WriteToMNI_DARTEL (line 47)

Forums: 
Resting-state fMRI topics