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我做双样本T检验的mask做法对吗，谢谢！！！

Submitted by shuxie on Fri, 08/31/2012 - 01:27

各位老师:
我想咨询一下双样本T检验的mask问题, 我是MRI新手，我的感受是Rest软件最大的困难对我来说是每一个统计都让你选mask,而我不会制作mask，不点mask总觉得分析不规范，为此我为了mask摸索了一个月, 才敢用此软件。而SPM的分析只是点击，选默认mask。我根据严老师讲课视频和论坛中有老师写的"先用两组单样本T检验显著的脑区，在RESTimage Calculator:中根据公式(abs(i1)> threshold)+(abs(i2)> threshold)>0取他们的并集做一个mask供双样本检验用，这样小一点的mask才有可能使有些信息活下来的"这个原则，我进行了mask制作.但我不知道我做得对不对:

1. 我用DPARS算出两组各个人的smRehoMap等, 先对两组分别进行smReho-1 MAP单样本的T检验,因我没有假设,所以这步mask 我选的Rest软件自带的brain61X72X61模板作为mask(因我看文章中阳性区域报的结果太多了,尽管基底节更多一些), 然后, 单样本T检验中得到病人和对照组各自的T图,下一步,取两组T检验显著的脑区,先去看threshold value, 用RestSlice Viewer中将病人T图呈现出来, 我选择P=0.05, 得出Threshold=2.1448,又将对照组T图呈现出来, 选择P=0.05,得出Thresthold=2.093.有了threshold, 可以在Rest Image Calculator中根据公式: (abs(i1)> threshold)+(abs(i2)> threshold)>0, 输入(abs(i1)> 2.1448)+(abs(i2)> 2.093)>0, 出来的mask是个红色图(见图1,光盘映像文件，需用Rest Sliceview打开),我不知道这个过程或公式对否, abs是什么意思,是否不要加?

2. 于是, 我去掉abs, 又用(i1> 2.1448)+(i2> 2.093)>0(我看视频上为(i1>1.96+i2>1.96)>0)公式,出来的图比刚才那个图少些脑组织(见图2),不知道哪个对?

3. 最后我用第一个公式做出来的mask,作双样本T检验, 结果统计出来的下面的T图(见图3),但不知道是什么意思,这是 smReho 最后分析出来的是结果吗,我选P=0.05，cluster size=85, rmm=4,选了个图像裁了下来（见图4）?

4. 另外一个问题是如果不用大脑或灰质模板做mask的话,是否每做一个变量都要做mask,如分析mReho,ALFF, mALFF,fALFF等要按上述方法制作阳性结果并集的mask吗?

请各位能给予回复和指导,谢谢~~~~

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Rest slice viewer

Submitted by lizf111 on Tue, 08/28/2012 - 22:46

请教严老师：
我原来用rest一直都挺好，可最近换了个电脑，用rest看图像时(slice viewer)overlay时总报错，报错信息如下：

REST Version: 1.7, Release: 20120101
??? Undefined function or method 'imresize_old' for input arguments of type 'double'.

Error in ==> rest_sliceviewer>AddOverlay at 2914

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DPARSF分析必须Dicom文件格式吗？

Submitted by shuxie on Tue, 08/21/2012 - 01:41

严老师：
    你好！
    我学了你录的DPARS视频，很有收获，再试着分析静息态的资料，谢谢你。但我资料中大多数是Dicom 格式文件，有两个病人是被转化好的SPM格式文件（HDR文件和光盘映像文件，机器文件怎么也生不全Dicom文件，用MRIconvert被转化为SPM分析的格式），我没法把他们转为DCIOM文件，放到FunRaw or FunImage，都不出来这个文件，无伦你怎么取消不需要从dicom转化成NIFTI了，但提示时间点让你填，填220不行，填0也不行， 怎么让这些不是DCIOM文件也进入软件顺利分析呢？

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