March 2012

A question about mask

严老师,您好!
想请教一下:我做correlation analysis 或者 two-sample t-tests 时限定了一个MASK(是我自己新生成的文件,不是REST软件里面的default mask)。然后,我用REST AlphaSim跑了校正用的数据。最后,我用Slice iewer 查看结果。我想知道的是:查看结果时,分别输入p value 和cluster size,那么这时候REST是否把这个多重比较校正的过程也自动限定在了MASK中?
谢谢!

严老师,请问视频对应的ProcessingDemoData中时间点如何确定

严老师:
我刚接触静息态数据处理,看了您的在线视频,也下载了ProcessingDemoData示例数据,但是其中没有提供time points的参数。
我的理解是1个TR(包括33Slices)扫描了整个大脑的数据,time points=(总实验时间)/TR,这样的理解对吗?
给出的示例数据文件中,一个被试有240个.dcm文件,不知道这个240和time points之间是否有关联,请指教,谢谢。

two papers about resting-state fMRI

1.Individual Functional ROI Optimization Via Maxim ization of Group-Wise Consistency of Structural and Functional Profiles
Kaiming Li -Neuroinform,2012.
http://www.springerlink.com/content/4711w8wj63m19g63/

2.The Synchronization within and Interaction between the Default and Dorsal Attention Networks in Early Infancy
Wei Gao-Cerebral Cortex,2012

请教:一个用Rest Extrat ROI series功能,提取结构相信号强度的做法

请教一个问题,不知道这种做法是否正确?
目的是:测量皮下灰质核团在T1WI上的信号强度(signal intensity)
方法:用VBM5分割配准了T1WI结构像(不做smooth),然后利用WFU生成了MASK,最后应用REST软件里Extrat ROI series功能提取感兴趣区的signal。这整个过程能跑下来。
但,请问:提取出来的ROI相关信号,是否就是我要的信号强度,还是指该ROI的volume/density?如果是后者,为了达到目的,应该怎么调整做法(还是想应用REST的Extrat ROI series功能)?
谢谢!

请教REST Power spectrum一个问题

各位老师好:
我用Rest power spectrum计算了一个被试的功率谱,碰到如下问题:(1)我使用的功能相数据是FunImgNormalizedDetrended里面的数据,不知可否?
(2)在功率谱中(附件中有图)纵坐标amplitude是指幅度,但是它的单位是微伏还是皮伏?
(3)在附件图中的左下角有三个数字,被括号括起来(31,43,25),它不应该是坐标吧,因为我设的坐标不是这个。