采用rest 1.8对基于SPM统计分析结果进行AlphaSim校正的相关问题咨询

 严老师:
       您好!我尝试采用REST1.8的AlphaSim方法对SPM的统计结果(任务fMRI)进行矫正,有几个细节不是很清楚,见下:

1)rmm:这个默认值是5mm,我想问一下选择这个值的依据是什么(或者这个参数的意义是什么)?

2)FWHM:在REST1.8版本中,已经采用了自动的方法进行估算(根据一个spmT.img以及一个mask.img),但是估算出来的结果相当大。我查了一下对应的(组分析)SPM.mat中SPM.xVol.FWHM是[6.8625 7.0820 6.8962],但是REST自己估算出来的值却是[19.709 23.452 20.767].请问两者的区别是什么原因造成的?

       希望您能在方便的时候回复。也希望其他老师同学不吝指正。非常感谢!


华东师大认知所  胡杨   即日

胡杨:

你好!

1. voxel size 3*3*3的时候,设置rmm=5,为边连接,即一个体素有18个邻居,这是SPM采用的标准,所以默认值设置在这里。

2. SPM, AFNI, FSL对平滑的估计各有不同,这里实现的是FSL的easythresh方法。另外一个重要区别是,这里的平滑估计是采用统计图,而不是残差,这样估计出来的平滑程度要(比基于残差估计)大不少,校正会更加严格。

According to Steve Smith, “Hi - you're right that easythresh isn't exactly the same, because it  uses the zstat image and not the residuals to estimate smoothness. 

However in my experience it isn't ever very different.” (https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=ind0902&L=fsl&P=R48770&1=fsl&9=A&I=-3&J=on&d=No+Match%3BMatch%3BMatches&z=4), estimation from Z statistical image is acceptable.

我等5月份更有空一点时候,改成基于残差估计吧。

 严师兄:
      非常感谢您的回复!
      另外还有两个相关问题希望向您请教:
1)按照您对于fwhm的解读,SPM是不是就是用的所谓的“基于残差估计的”平滑值?我是不是也可以在rest的alphasim里面,直接手动输入由SPM估计的fwhm值(即SPM.xVol.FWHM的值),然后得到“基于残差估计FWHM“计算的alphasim校正结果?

2)您能否简单梳理一下fwe,fdr和alphasim三种矫正方法之间的关系?fwe和alphasim究竟是两种不同的方法,还是alphasim是估计fwe的一种(spm的fwe是基于Random Field Theory估计的)?

3)我看到之前您的帖子曾经有这样的表述,即”AlphaSim是会宽松一些,FWE会严一些。当然,更严的是Bonferroni correction。到底哪种方法好,大家并没有一致结论。在一些探索性研究中,可能能够接受更宽松一点的校正,在一些验证性研究中,大家可能更期待严格一点的校正“。关于Alphasim和FWE谁更严格谁更宽松的说法,有没有前人的文献依据呢?

       希望能得到您的回复和指教!非常感谢!


胡杨    即日

胡杨:

你好!

1、是的。
2、我的理解:FWE是一种广泛的称呼,包括FDR校正,AlphaSim校正,和GRF校正(FSL或SPM)。
3、关于AlphaSim和FWE哪一个更严格,只是一种感觉,并没有找到文献和认真地比对。改天我再核对几个例子比一下。

祝一切顺利!

超赣

 严老师,你好!
就采用REST进行AlphaSim多重比较校正,我有个问题。
从你的PPT来看, FWHM越大,需要的voxel越多。但我采用REST v1.8算了一下,采用较大的FWHM,算出来需要的voxel反而比较小;而用SPM生成的较小的FWHM,算出来需要的voxel反而较前者大。这是什么原因呢?
谢谢你!