欢迎到静息态功能磁共振成像论坛
Welcome to the forum of resting-state fMRI

关于DPARSF处理数据中间环节出错

 老师们好,我有几个问题想请教大家。
1、在DPARSF跑数据中,detrend这一步出错,Warning: Invalid escape sequence appears in format string. See help sprintf for valid escape sequences.

> In rest_detrend at 24
  In DPARSF_run at 992
  In DPARSF>pushbuttonRun_Callback at 976
  In gui_mainfcn at 96
  In DPARSF at 43

目前有病人组前后两次的静息态MRI数据和健康对照组的静息态数据,请问怎样进行统计呢?

 我们对病人组在治疗前后均扫描了静息态数据,也采集了健康对照组的静息态数据,在对ALFF用REST统计上犯了难,目前的试了一下,我的步骤和问题如下:
1.病人前后和对照共三组数据做ANOVA,得到了一个脑区,再在这个脑区内用REST做两两比较(该脑区为mask),发现病人治疗前该脑区内大部分voxel比对照高(REST双样本T检验),而治疗后该脑区大部分voxel比治疗前更高(用了REST的配对T检验),但是治疗后的影像与对照比却没有得到阳性发现(REST双样本T检验,跟前面是同样的多重比较矫正水平),对于这一点我就觉得纳闷,为什么治疗前比对照高,治疗后更高,治疗后比对照反而没有影像学的阳性发现?
2、我也知道不是独立样本不适合做配对T检验和ANOVA,但是有什么更合适的办法吗?或者现在我的方法有没有可以被接受的可能?

做GCA是否要选择去除协变量的数据

各位老师,同学好。

我现在在做GCA,用去除协变量的数据和用filtered的数据(不去除协变量)分别作了,结果不同,想知道应该用那个数据做呢,哪个更可靠呢。

谢谢。

请教各位老师是不是循环分析的情况?

各位老师,同学好~
我的实验做出了两组样本脑体积有差异的脑区,然后我想提取这些脑区的平均信号强度来与一组临床评分做相关分析,目的是想了解这些有差异的脑区与临床评分的相关性如何。
我的问题是:
1. 现在已知两组病人的临床评分组间无差异,在这种情况下,我是否可以将两组病人的图像合在一起与评分做相关?自己觉得组间评分如果有差异,再与有差异的脑区做相关才会有double dipping的嫌疑,不知道我理解的对不对?还想听听各位老师的意见

2. 或者我将有差异的脑区的平均信号强度分组来做相关。也就是说A组的信号和A组的评分,B组的信号和B组的评分各自做相关,然后在结果讨论的时候就分别对两组病人讨论。看的文献这么做的不多,不知道方法学上有没有不妥?如果分开做的话,那就是做两次相关,结果我需要P/N吗?

Undefined function or variable ‘file array’

              I'm fresher to REST Toolbox. Recently, I use it to compute ALFF. Unfortunately, At first step, it cause an error and promt “Undefined function or variable ‘file array’ ”.
              I tried to find the origin by baidu or google but failed. I think it stemed from wrong data format. The data format used is NIfTI 3D hdr/img pairs which were transformed from nii by MRIcro. My specific setting is "WIN7, REST1.8,MATLAB 2012b". 
             Can anyone solve this ERROR? And tell me how to do next. Thank you !

 

关于Alphasim校正

 各位老师好,最近投稿遇到审稿人建议不使用Alphasim校正,但是FDR/FWE校正又不survive,请问有什么办法能解决,可不可以先取uncorrected p< 0.05的mask内做spm small volume,以达到FDR校正? 谢谢老师! 

关于两样本t检验统计的AlphaSim校正问题

 关于两样本t检验统计的AlphaSim校正问题,想向各位老师请教:

Reviewer给我的Comments是:

关于cluster report报告生成,学习了张老师的v2.0,遇到一些具体问题

张老师,您好!非常感谢您的 “How to report my result using REST slice viewer? v2.0”  ,我在实际操作过程中遇到了一些问题,特向您请教。
1. 首先确认一个问题,我理解的alphasim校正是通过控制cluster的大小来实现的,这个理解对吗?

remove times points

各位老师好,

用dparsf预处理,在去除时间点时候报错,没有什么原因,直接提示去除10个时间点 失败,

请问,这是为什么呢。

谢谢。

degree centrality 数据处理问题

 各位老师:
您好,数据预处理采用的是DPARSFA2.3,已经得到degree centrality 文件夹,里面有6种数据:无prefix的二值化数据和加权数据,prefix为s的二值化数据和加权数据,以及prefix为z的二值化数据和加权数据。
我有两个问题:
1.数据还没有做smooth,用DPARSFA2.3可以继续做吗?选择FunImg还是FunRaw?如果选择FunImg,采用哪个结果文件继续跑?
2.我试着用SPM8做了一下smooth,degree centrality 文件夹里的所有数据都加了一个prefix-s,请问下一步我要做统计分析的话采用那组数据?
期待您的热心回复。
zhang
jinling hospital

Syndicate content