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推导TR的小经验

最近处理一批数据时,发现部分被试头文件中的TR值与扫描时设置的不同,原因未知,而且有几个被试的TR信息丢失,时间点已知,通过计算总时间推算

DICOM to NIFTI using DPARSF

 Hello,

I have no much experience in f-mri analysis. I have a set of 197 files in DICOM format that I want to analyze using SPM8

First I want to make some preprocessing including  convert DICOM files to NIFTI files using DPARSF. But I have some problems using DPAERF

I used tha parameteres:

关于REST的时间序列提取功能

         REST 提供了很好很强大的ROI时间序列提取(Extract ROI Signal )功能,可以非常方便的提取ROI的数值,我以前的研究从中受益很多。

    最近的研究,要求不仅仅提取出一个ROI的平均时间序列,还要提取这个ROI中每一个Voxel的时间序列,不知需要如何将该程序修改或重写?多谢指教!

  

GCA的基于残差的方法

请教老师GCA基于residual的方法,不能算多个roi么。基于coefficient可以算多个roi,但结果有正负。我因为关于roi之间的连接要做双样本t检验,它不像基于voxel的可以在spm中做,分别建立正负mask。但roi之间的连接是数值,只能在spss里做,那正负相减不能说明实际上增高还是减低(由-1减去-2,是正值,可是-2是不是表示抑制作用加强了呢)。
而且遇到纵向的数据,观察效应连接随时间点的变化,可能一会正一会负,用回归模型还科学么
表达的比较细碎,谢谢老师!

fALFF Processing times and normal fALFF values

 Hello

ALFF需要regress 吗?

 各位老师您好:

       我突然想到ALFF是直接滤波之后提取的,没有经过regress这一步,或许我不知道这原理是什么,我想知道为什么不regress之后作ALFF?
谢谢

Two sample t-test of FC

老师们好,
我已经运用ICA方法提取出病人组及正常组的DMN网络,现在我想比较之间的差别。取了10个aal脑区的ROI,用DPARSF做ROI-wised analysis, 计算出了10个ROI之间两两相关的FC,下一步想比较两组间10个ROI的FC强度之间差别。我想请问接下来如果要进行two sample t-test的话,应该如何进行?

notch filter

 Hi all,
I have an artifact in my data that is very sharp in frequency, I think a notch filter would be ideal to remove it. Is there any notch filter implemented in rest? if not, Could anyone suggest an alternative approach?

thanks

Pablo
 

mALFF、mfALFF、zfALFF画出的折线图差别较大

 各位老师您好:
     
        我附了三张图片:这三张都是六个脑区的ALFF,依次向下的顺序是 mALFF、mfALFF、zfALFF ;四种曲线颜色代表不同条件,例如静息前后等等;
       (1)我用mALFF、mfALFF、zfALFF画出的折线图差别较大,我不太清楚为何原因,按理说,四种条件下,也就是纵向看的话,趋势应该是相同的,为何趋势不同;
       (2)脑区与脑区之间对应的纵坐标的值可以相互直接比较吗?

degree

 Hi, Yan, how can I do the statistical analysis after I have obtained "szDegreeCentrality_PositiveBinarizedSumBrainMap". Within-group, do the FDR correction? Thanks!

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